A EmFisio Jr. possui uma equipe principal para elaborar projetos (Diretoria de projetos) focados no que o mercado/cliente procura, porém o trabalho é realizado em conjuto com todas as diretorias, sendo que estas buscam acompanhar diretamente a execução dos projetos de consultoria em andamento por meio de reuniões periódicas e da elaboração de relatórios verificando a qualidade dos serviços prestados e de seus resultados.